进入瓶装水设施的水含有细菌和颗粒物。大肠杆菌和假单胞菌等有害细菌在天然水源中很常见。许多其他非致病性细菌在水中也很常见。如果允许它们进入最终包装并生长，它们可能会在最终产品中引起疾病、异味甚至雾霾。水处理过程使用了多种技术，使水符合相关的瓶装水行业标准。过滤是去除细菌和为消费者生产安全、清洁产品的重要组成部分。
微滤作为其他质量保障措施的补充，如臭氧和紫外线。微滤被用作反渗透的有效预过滤。即使是在反渗透装置之后，或者在装瓶之前仍有预过滤和最终过滤阶段，这是一种最佳做法，以增加保护作用。
